Unterausschuss Methodenentwicklung

Die Methoden

- Nachweismethoden Pflanzen
- Nachweismethoden Bakterien
- Nachweismethoden Viren
- Nachweismethoden Pilze
- Nachweismethoden Zelllinien
- Probenahmetechniken

Nachweismethoden Pflanzen

PCR-Nachweis der p35S/pat-Genkassette in transgenen Kulturpflanzen
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: 15.09.1998
Anwendungsbereich: Nachweis des pat-Gens (Resistenz gegen Glufosinat) sowie des vorgeschalteten 35S-Promotors in transgenen Pflanzen (Im Ringtest wurden transgener Mais und Raps bearbeitet)

Koordination: Niedersachsen
Volltext: 35spat.pdf (PDF-Datei, 23 kB)

 

PCR-Nachweis der pSSUAra/bar-Genkassette in transgenen Kulturpflanzen
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Nachweis des bar-Gens (Glufosinat-Resistenz) sowie des vorgeschalteten Promotors der kleinen Untereinheit der Rubisco (SSU) in Pflanzen
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Sachsen-Anhalt
Volltext: bar.pdf (PDF-Datei, 26 kB)

 

PCR-Nachweis der pFMV/CTP2/EPSPS-Genkassette in transgenen Kulturpflanzen
Status/Fassung: verabschiedet, letzte Fassung: März 2002
Anwendungsbereich: Nachweis einer Genkassette, bestehend aus dem Promotor pFMV, der Chloroplasten-Transitpeptidsequenz CTP2 und dem EPSPS-Gen (Resistenz gegen Glyphosat-Herbizide), in transgenen Pflanzen. Die Methode ist geeignet (Im Ringtest wurden transgene Zuckerrüben und Raps bearbeitet)
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Sachsen-Anhalt
Volltext: soproundup.pdf (PDF-Datei, 208 kB)

 

PCR-Nachweis der 35S-nptII-Übergangssequenz, der pNapin-BayTe-Übergangssequenz und des plsC-Gens
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: November 2004
Anwendungsbereich: Verfahren zum qualitativen PCR- Nachweis von bestimmten gentechnisch veränderten Rapslinien, die in ihrer Fettsäure-Zusammensetzung bzw. im Speicherlipid-Muster modifiziert wurden. Im Ringtest wurden zwei verschiedene Raps-Transgene mit verändertem Fettsäure-Stoffwechsel bearbeitet.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Sachsen-Anhalt
Volltext: ok_laurical_raps.pdf (PDF-Datei, 46 kB)

 

Real-Time PCR zur quantitativen Bestimmung gentechnisch veränderter Rapslinien mit dem 35S/pat-Genkonstrukt
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: März 2006
Anwendungsbereich: Real Time-PCR-Verfahren zur quantitativen Bestimmung des Übergangs zwischen dem CaMV-35S-Promotor und einer synthetischen pat-DNA-Sequenz in bestimmten gentechnisch veränderten Rapslinien
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Hamburg
Volltext: PDF-Datei (64 kB)

 

Qualitative PCR zum Nachweis transgener Kartoffeln mit verändertem Stärkestoffwechsel oder Schädlingsresistenz
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: März 2009
Anwendungsbereich: Die Methode beschreibt verschiedene qualitative PCR- Nachweisverfahren für bestimmte gentechnisch veränderte Kartoffellinien, die in ihrem Stärkestoffwechsel modifiziert wurden oder in die eine Schädlingsresistenz eingeführt wurde: Verfahren zum Nachweis des ahas-Gens, einer p35S- bar- Übergangssequenz, einer Übergangssequenz zwischen Promotor und der 5´-nicht-translatierten Region eines Phytophthoraresistenz vermittelnden Gens, einer Übergangssequenz zwischen Promotor und invertiertem gbss-Gen, einer Übergangssequenz zwischen dem gbss-Promotor und dem invertierten be2-Gen, einer Übergangssequenz zwischen invertierten be1- und r1- Genen.Die Anhänge enthalten Details und Verfahrenskenndaten zu den Einzelverfahren.

Koordination: Niedersachsen
Volltext: SOP-PCR-Kartoffeln - pdf-Datei

 

Real-time PCR Verfahren zum Nachweis gentechnisch veränderter Rapslinien mit dem bar/T-g7-Genkonstrukt
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: November 2009
Anwendungsbereich: Die Methode beschreibt ein Screening-Verfahren zum Nachweis bestimmter gentechnisch veränderter Rapslinien mit dem bar/Tg7-Genkonstrukt, sog. SeedLink®-Rapslinien, wie z.B. Ms1, Ms8, Rf1, Rf2, Rf3 sowie ihrer Kreuzungsprodukte. Es werden die Übergangsregion des bar-Gens zum T-g7 Terminator einerseits und ein Fragment des rapsspezifischen BnACCg8-Referenzgens andererseits mittels Real-time PCR in zwei Reaktionen amplifiziert. Für die Abschätzung des relativen gv Gehalts werden als Quantifizierungsstandards Verdünnungen eines Hybridmoleküls benutzt, das die Zielsequenzen der bar/T-g7-Genkassette und des Referenzgens im Verhältnis 1:1 beinhaltet.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Bayern
Volltext: SOP-Real-Screening-Seedlink-V01-final-181209 - pdf-Datei

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Nachweismethoden Bakterien

PCR-Nachweis von GVO, die von pBR322 abgeleitete Sequenzen enthalten
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: 15.09.1998
Anwendungsbereich: Nachweis von GVO, die pBR322 ab-geleitete Sequenzen (=Vektorsequenzen) enthalten. Im Ringtest wurden pUC-Plasmide in E.coli charakterisiert.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Hamburg
Volltext: pcrpbr322.pdf (PDF-Datei, 19 kB)

 

Nachweis von E.coli K12 mittels PCR und U3-Phagentest
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: 15.09.1998
Anwendungsbereich: Charakterisierung und Differenzierung von E. coli K12 mittels Multiplex-PCR. Absicherung der Ergebnisse mit dem U3-Phagentest.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Hamburg und Niedersachsen
Volltext: ecolik12.pdf (PDF-Datei, 25 kB)

 

Differenzierung von E.coli-Stämmen mit Hilfe der Pulsfeldgelelektrophorese (PFGE)
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung 03.08.2000
Anwendungsbereich: Charakterisierung von E. coli-Stämmen unterhalb der Speziesebene
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Berlin und Niedersachsen
Volltext: pfge.pdf (PDF-Datei, 23 kB)

 

Nachweis von persistierenden Agrobakterien in transgenen Kulturpflanzen und deren mikro- und molekularbiologische Charakterisierung
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: 23.11.1999
Anwendungsbereich: Nachweis von transgenen Agrobakterien in verschiedenen Geweben höherer Pflanzen
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Niedersachsen
Volltext: agrobak.pdf (PDF-Datei, 29 kB)

 

Nachweis von E. coli C mit dem PhiX174-Phagentest
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung 8.09.1999
Anwendungsbereich: Identifizierung von E. coli C sowie Abgrenzung zu E. coli K12 / sonstige E.coli
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Niedersachsen
Volltext: ecolic.pdf (PDF-Datei, 16 kB)

 

PCR-Nachweis von E. coli B- und BL21-Stämmen
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: März 2005
Anwendungsbereich: Spezifischer Nachweis verschiedener, häufig verwendeter E.coli B- und BL21-Stämme. Im Ringtest wurden E.coli B sowie zwei Derivate von E.coli BL21 identifiziert.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Niedersachsen
Volltext: ok_sop_bl21.pdf (PDF-Datei, 59 kB)

 

Nachweis von E. coli an Oberflächen
Der Unterausschuss Methodenentwicklung empfiehlt zum Nachweis von E. coli auf Oberflächen die Anwendung der Methode "Bestimmung des Oberflächenkeimgehaltes auf Einrichtungs- und Bedarfsgegenständen im Lebensmittelbereich", Teil 1-3, Januar 1998 der amtlichen Sammlung von Untersuchungsverfahren nach § 35 LMBG.

 

Identifizierung von Bakterien durch Sequenzierung der 16S-rDNA-Amplifikate
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: Juli 2006
Anwendungsbereich: Verfahren zur Amplifikation des 5´- Endes der 16S-rDNA aus Bakterien und nachfolgenden Sequenzierung des PCR-Produktes
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Niedersachsen
Volltext: PDF-Datei (71 kB)

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Nachweismethoden Viren

Qualitativer und Quantitativer Nachweis von rekombinanten Viren (am Beispiel von Vaccinia-Viren)
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Nachweis von rekombinanten (Vaccinia-) Viren (rekomb. Bereich: eGFP integriert in TK-gen). Quantifizierung der Viren mit TaqMan
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Schweiz
Volltext: repvaccnachw.pdf (PDF-Datei, 49 kB) / vaccdna.pdf (PDF-Datei, 31 kB)

 

Extraktion von Virus-DNA
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Mit dieser Methode kann Virus-DNA (getestet für Vacciniaviren) aus Flüssigkeiten (z.B. aus Wischproben) extrahiert werden. Die extrahierte DNA ist nach diesem Prozess direkt für PCT-Anwendungen nutzbar.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Schweiz
Volltext: virextrakt.pdf (PDF-Datei, 55 kB)

 

Nachweis von biologisch aktiven Adenoviren des Typs 5 (Ad5) und zur Unterscheidung zwischen der natürlichen und der gentechnisch veränderten Form dieses Virus
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Differenzierter Nachweis von Wt-/replikationsdefekten Adenoviren
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Schweiz
Volltext: ok_sop_adeno.pdf (PDF-Datei, 42 kB)

 

Quantitativer Nachweis von Adenovirus-DNA mittels Real-Time PCR
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Quantifizierung der adenoviralen DNA mit TaqMan (= Ergänzung des Nachweises von biologisch aktiven Adenoviren)
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Schweiz
Volltext: ok_sod_adeno_rt_pcr.pdf (PDF-Datei, 48kB)

 

Quantitativer Nachweis von Lentiviren (HIV1)-RNA mittels Real time RT-PCR
Status/Fassung: verabschiedet, letzte Fassung: April 2009
Anwendungsbereich: Quantitativer Nachweis von Lentiviren (HIV1) – RNA mittels reverser Transkription und quantitativer Real time PCR
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Schweiz
Volltext: Lentiviren - pdf-Datei

 

Extraktion von Virus-RNA
Status/Fassung: verabschiedet, letzte Fassung: April 2009
Anwendungsbereich: Quantitativer Nachweis von Lentiviren (HIV1) – RNA mittels reverser Transkription und quantitativer Real time PCR
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Schweiz
Volltext: Virus-RNA - pdf-Datei

 

Nachweis von Squirrel Monkey Retrovirus (SMRV) mittels real-time PCR
Status/Fassung: verabschiedet, letzte Fassung: November 2009
Anwendungsbereich: Nachweis von Nukleinsäuresequenzen des Squirrel Monkey Retrovirus (SMRV) in DNA-Extrakten aus Zellkulturen zur Überprüfung auf SMRV-Infektionen
Die Anhänge enthalten Details und Verfahrenskenndaten zu den Einzelverfahren.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Hamburg
Volltext: SOP-SMRV-RealTime - pdf-Datei

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Nachweismethoden Pilze

Molekularbiologische Identifizierung von Pilzen mittels ITS-PCR und nachfolgender Sequenzierung
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: April 2011
Anwendungsbereich: Die Methode beschreibt ein Verfahren zur Analyse der Nukleotidsequenz des 5,8S rRNA-Gens und der benachbarten ITS-(Internal Transcribed Spacer) DNA-Sequenz für die Gattungs- und Speziesidentifizierung bei Pilzen. Die Analyse dieser Teilsequenzen ermöglicht eine taxonomische Zuordnung von Pilzstämmen, um im Rahmen der Gentechniküberwachung gentechnische Arbeiten überprüfen sowie mögliche Pilzkontaminationen nachweisen zu können.

Koordination: Niedersachsen
Volltext: PDF-Datei (120 kB)

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Nachweismethoden Zelllinien

Überprüfung der Spezies und Reinheit von Zelllinien mittels Multiplex PCR
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: Januar 2011
Anwendungsbereich: Die Methode beschreibt ein modifiziertes Multiplex-PCR basiertes Nachweisverfahren zur Identifikation der Spezies einer Zelllinie und zum Aufdecken von potenziellen Kreuzkontaminationen durch artfremde Linien. Dabei werden speziesspezifische Fragmente der mitochondrialen DNA in einem zwischen dem Gen für das Cytochrom b und der Sequenz für die 16S ribosomale RNA gelegenen Bereich amplifiziert.
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Niedersachsen
Volltext: PDF-Datei (74 kB)

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Probennahmetechniken

Probenahme von Pflanzenmaterial
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Probenahme als Vorbereitung für den Nachweis von rekombinanten Bereichen in transgenen Pflanzen
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Niedersachsen
Volltext: pflproben.pdf (PDF-Datei, 220 kB)

 

Probenahme von Wasserproben
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Vorbereitung für Nachweis von GVO in Wasserproben (z.B. in natürl. Gewässern im Rahmen von Freisetzungen oder in Wasserbädern im Laborbereich)
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Sachsen-Anhalt
Volltext: pnwas.pdf (PDF-Datei, 17 kB)

 

Probenahme von Viren von Laboroberflächen (am Beispiel von Vaccinia-Viren)
Status/Fassung: verabschiedet
Anwendungsbereich: Probenahme als Vorbereitung der Analyse von viralen Kontaminationen bzw. von entsprechenden GVO im Laborbereich
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Schweiz
Volltext: sopoberflaechen.pdf (PDF-Datei, 47k)

 

Probenahme von Pflanzenmaterial auf landwirtschaftlichen Anbauflächen zur Untersuchung von transgenen Anteilen in dort angebauten Kulturpflanzen
Status/Fassung: Verabschiedet, letzte Fassung: September 2006
Anwendungsbereich: Probenahme als Vorbereitung der Probenahme von Pflanzenmaterial auf landwirtschaftlichen Anbauflächen zur Feststellung von transgenen Anteilen in dort angebauten Kulturpflanzen für eine später im Labor durchzuführende Prüfmethode
Nachweistechnik/Methode:

Koordination: Saarland
Volltexte:
SOP Probenahme Anbauflächen - PDF-Datei (63 kB)
SOP Probenahme Anhang I Fragebogen Raps - PDF-Datei (10 kB)
SOP Probenahme Anhang II - PDF-Datei (18 kB)
SOP Probenahme Probenberechnug - XLS-Datei (87 kB)

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